灭菌器的灭菌和灭活时间温度主要取决于所使用的灭菌方法。对于高压蒸汽灭菌，常用的灭菌条件包括温度达到121℃并维持30分钟，或者更高的温度如132℃以上维持10分钟，以杀死包括具有顽强抵抗力的芽孢、孢子在内的一切微生物。对于一些先进的灭菌设备，如脉动真空压力蒸气灭菌器，灭菌条件要求蒸气压力达到205.8kPa(2.1kg/cm2)，温度达132℃以上并维持10分钟，以确保灭菌。此外，对于不能耐受较高温度的制剂或药品，可以采用低温间歇灭菌法，该方法涉及将待灭菌物品在60-80℃加热1小时，然后在室温或孵卵箱中放置24小时，重复此过程三次以上，直至全部芽孢被消灭为止。这些方法的选择取决于待灭菌物品的性质和所需的灭菌效果。
