脉动灭菌器的主要阶段包括：脉动、升温、灭菌、排汽和干燥。
脉动阶段：对灭菌器内室进行抽真空、进蒸汽操作，反复进行三次，然后再次抽真空，待内室压力到达脉动下限后，程序转入升温阶段。此阶段内室的冷空气排除率可达到99%以上，确保内室无死点，保证灭菌的合格1。
升温阶段：蒸汽经过灭菌器夹层进入内室，对器械进行加热，同时内室疏水阀间歇性开启，将蒸汽冷凝后产生的水排出。内室温度达到设定值后，程序转入灭菌阶段1。
灭菌阶段：在此期间内室进汽阀受到内室温度和压力的共同控制，确保内室保持在一定的温度范围内对器械进行灭菌。当内室温度高于设定数值上，进汽阀关闭；低于下，进汽阀打开。同时，当内室压力高于设定上，进汽阀也会关闭，低于下限值时打开，以确保灭菌阶段温度的上下波动不超过3°。灭菌计时结束后，程序转入排汽阶段1。
排汽阶段：排汽阀打开，内室的蒸汽在内外压差的作用下排出，大部分蒸汽冷凝成水，少部分蒸汽经过滤后排至大气。内室压力下降到设定值后，程序转入干燥阶段1。
干燥阶段：真空泵打开对内室进行抽真空，同时夹层保持一定的压力和温度，起到烘干器械的作用12。
脉动真空灭菌器利用饱和蒸汽在冷凝时释放出大量潜热的物理特性，使待灭菌的物品处于高温和潮湿的状态，经过一段时间的保温从而达到灭菌的目的。其特点包括：
高效灭菌：通过反复抽真空和注入蒸汽的过程，排除内室的冷空气和微生物，确保灭菌效果。
温度控制：在灭菌阶段，进汽阀受到内室温度和压力的共同控制，确保温度波动不超过3°，保证灭菌效果。
干燥效果：通过真空抽湿和高温烘干的过程，确保灭菌后的物品干燥爽洁
