脉动灭菌器的置换是指通过使用机械真空泵“抽走"腔体内的空气，再冲入纯蒸汽，完成一次抽真空-充蒸汽的过程。这一过程有效地去除99.9%的空气，通过提高去除空气的效率，缩短平衡时间，适用于可以包藏或夹带空气的多孔/坚硬装载物，如软管、过滤器和灌装机部件等。此外，脉动真空灭菌器的工作原理还包括将饱和水蒸汽作为灭菌介质，通过数次抽真空与数次注入蒸汽的交替过程，使灭菌室符合限定的真空度后，将饱和蒸汽充入，以此符合规定的压力饱和度，更好地对灭菌物实施灭菌。这个过程包括脉动真空与预真空两个时期，其中脉动真空是通过多次对灭菌室实施抽真空，在完成一次抽真空后，把一定量的蒸汽放入灭菌器，使剩余的空气与蒸汽融合，以满足一定的蒸汽条件，再进行抽真空作业，历经数次的抽真空后进入蒸汽灭菌的方式
