1、灭菌时间不同
低温等离子灭菌器每次灭菌只需要25-55分钟即可，而环氧乙烷灭菌器则需6-8个小时。这种灭菌时间对于医院来说，时间短无疑更有优势。但是，低温等离子灭菌器的灭菌效果却不如环氧乙烷灭菌器che底，因此环氧乙烷灭菌器广泛应用于医用口罩、防护服等灭菌，而低温等离子灭菌器则更加适用于消毒供应中心。
2、灭菌方式不同
低温等离子灭菌器采用的是过氧化氢溶液和等离子体结合从而达到一个灭菌的效果。而环氧乙烷灭菌器则是采用真空低温环境下的环氧乙烷气体，去抑制微生物的生长，从而达到灭菌效果。值得一提的是，环氧乙烷灭菌器不能对油、粉剂以及液体进行灭菌之外，其他的物品都是可以采用这种方法灭菌的。例如各类腔镜、棉纺类、硅胶类、橡胶类等。
3、穿透性的区别
环氧乙烷有着非常好的穿透性，而过氧化氢的穿透性不是很好。因为灭菌剂有着不一样的穿透性，所以对于需要灭菌的物品结构以及包装的材料都会有不一样的要求，也就是说在选择灭菌方法的时候一定要把灭菌剂的穿透性考虑进去。
4、灭菌温度不同
环氧乙烷灭菌一般会有两种灭菌的温度，分别为37摄氏度和55摄氏度，对于耐温性不足50摄氏度的物品来说，就不能使用环氧乙烷灭菌。而过氧化氢等离子体灭菌只有一种灭菌温度，那就是50摄氏度。
